农业资源与农业区划研究所科技体制改革于2003年5月正式启动，在院党组的正确领导下，按照建设非营利性科研机构的要求，紧紧围绕院“三个中心一个基地”建设目标，科学筹划，认真组织，稳步推进，到2004年7月，研究所在学科调整、机制转变、资源整合、创新能力建设等方面取得了初步成效，在科技体制改革的道路上迈出了可喜的一步。研究所向国内一流的以土壤肥料、农业微生物、农业遥感应用、农业资源利用和区域发展为主导的国家级公益性综合研究机构的目标大步迈进。
　　一、调整学科，合理配置资源
　　首先把学科调整放在首要位置。在改革中，坚持强化重点、保持优势、兼顾基础、合并类似学科、发展新兴学科的调整思路，围绕院“三个中心一个基地”的建设目标和国家与社会需求，立足当前，兼顾长远，重新整合和调整了学科专业发展方向。改革中合并了4个类似学科，新设1个具有发展潜力和前景的新兴学科（草业管理与农业生态）。将原14个学科专业，调整为8个学科领域，分别为植物营养与肥料、土壤学、农业微生物、节水农作制度、草业管理与农业生态、农业遥感与数字农业、资源管理与利用和农业布局与区域发展。通过调整，使学科结构得到优化，学科优势更加突出，特色更加明显。
　　其次是精简处（室）和人员。在改革过程中，研究所以上级核定的创新编制160人（含流动编制32人）为基础，以科研岗位99人、管理岗位14人构成非营利性科研机构主体，对处（室）和人员进行了精简；研究室由原来的14个，根据学科调整重组为8个，减少43％；设植物营养与肥料研究室、农业遥感与数字农业研究室、土壤研究室、农业微生物资源与利用研究室、农业水资源利用研究室、草地科学与农业生态研究室、资源管理与利用研究室、农业布局与区域发展研究室。管理处（室）由原8个减少为4个，减少50％，管理人员由33人减少为14人，减少58％。设办公室、党委办公室（人事处）、科研管理处、条件建设与财务处，使队伍更加精干，工作效率大幅提高。
　　三是科学设置科研岗位。以发挥一、二、三级岗位杰出人才的作用和调动全体科研人员的积极性为原则，设立了创新科研岗位、一般科研岗位和一般科研辅助岗位，并以研究室为依托，以创新研究员为基础，对科研人员进行梯次配备，极大地改变了研究队伍的结构。目前，进入创新岗位的113名研究人员中博士48人，占43％，硕士26人，占23％，本科24人，占21％；高级职称69人，占61％，中级职称29人，占26％。科研人员的平均年龄39岁，35岁以下的博士10人，占21％。形成了一支充满勃勃生机的科研队伍。
　　二、健全制度，转变机制，人才队伍建设成效显著
　　加强内部制度建设，促进运行机制的转变，是我所改革的重要任务之一，改革中以建立“开放、流动、竞争、协作”的运行机制为目标，强化制度建设，共制定改革配套文件10个，配套制度31项，极大地调动了科研人员的创新积极性。
　　首先全面推行了全员聘用制。通过按需设岗，明确岗位职责、任职条件、任期目标等，按照“公开、公正、竞争、择优”的原则，自上而下，按岗聘用，择优上岗，对所有岗位进行了公开招聘，上岗率为95％。在岗位设置上按照科研、科辅、质检中心、产业开发、后勤服务五类实行分类管理，在核定的非营利编制160人内，由113人进入创新机构，其中科研岗位99人，占88％， 管理岗位14人，占8％，流动编制32人，占20％。岗位实行动态管理，加大考核力度，考核不合格者自动淘汰，保证固定人员的年更新率在3％以上。
　　其次是改革分配制度。坚持按岗位定酬、按任务定酬、按业绩定酬的原则，实行基础工资、岗位津贴、绩效津贴“三元”工资制，岗位津贴适当拉开档次，最高一档是最低档的5倍。科研人员的绩效津贴依据科研任务和工作业绩确定；管理人员的绩效津贴根据当年科研岗位人员绩效津贴平均数的80％计发，科研人员的年人均收入比改革前有了较大的提高。科辅、开发和后勤服务部门实行定额补贴，内部实行独立核算，自负盈亏。
　　三是改革人才培养和用人机制。科技体制改革以来，引进海外留学人员4名、一级岗位杰出人才2名、二级岗位杰出人才10名，招聘研究所三级岗位杰出人才14名，形成了高级、中级、初级相结合的梯次队伍。在科研方面更加注重国际合作，先后邀请美国、英国、瑞典等十几个国家的专家、学者进行合作研究和学术交流，承担国际合作项目38项，多次主办或承办各种国际学术会议，先后选派150多人次到多个国家进行培训、考察和合作研究。培养研究生人数逐年增加，目前，研究所有博士生导师27名，硕士生导师50名，在读研究生117名（其中博士生44名，硕士生73名，博士后流动站10人）。
　　三、合理分流人员，实现改革平稳过渡
　　改革过程中，对于未进入非营利机构的人员，研究所采取设立科研辅助岗位、产业开发岗位、后勤服务岗位、临时岗位和建立内部退休制度等多种形式给予妥善安置。共分流在职职工86人，其中分流到科研辅助岗位54人，占63％；产业开发岗位9人，占10％；后勤服务岗位14人，占16％；临时岗位4人，占5％；内部退休5人，占6％。同时，还制订了相应的优惠政策鼓励待岗人员自谋职业，鼓励符合条件的待岗人员内部退休。
　　四、以研为本，科技创新能力进一步提高
　　科技体制改革后，科技资源配置更加优化，科研人员争取项目的积极性更加高涨，科研项目数量逐年增加，课题层次越来越高，科研经费稳步增长。
　　目前，研究所承担科研项目192项，其中国家级项目73项，国际合作项目18项，省部级课题92项，横向课题9项，科研人员人均科研经费达33万元，科研人员研究任务饱满。近年来获得各类科研成果47项，其中国家奖3项，省部级奖23项。