自2004年初开始，草原研究所根据科技部、财政部、中编委联合下发的“关于农业部等九个部门所属科研机构改革方案的批复”，进行了大量的调研，并结合研究所实际制定了《科技体制改革总体方案》和与之相配套的8个附属文件，经过认真、反复讨论、修改与完善，已全面实施。到目前，通过机构改革和调整，形成了科技创新、产业发展和后勤服务三大体系。总的看来，总体构架合理、发展目标明确，初步实现了分类管理。
　　一、精简机构、明确职责
　　将原综合管理处、科技管理处、科技开发处和财务与资产处四个职能部门调整为办公室、人事处（党办）和科技管理处，并在全所范围内对职能管理部门和后勤服务中心处级领导岗位进行了公开招聘。
　　通过调整，职能管理部门人员由原来的39人精简到15人，其中，具有博士学位1人，具有硕士学位3人，具有本科以上学历9人，具有大专以上学历2人；平均年龄为43岁。职能部门人员的整体素质和工作积极性有了明显的提高。
　　二、学科调整
　　经过资源的重新整合，完成了学科建设的整体构架，为草原所学科建设搭建了有利于发展的平台。
　　草原所的重点研究方向与内容确定为，草地资源动态监测及数字化管理，草原火灾、雪灾等自然灾害的监测与预警；国内外草类种质资源的考察、收集、鉴定、评价、筛选利用、保存研究和数据基础共享平台建设，优良牧草新品种的培育；开展不同类型草地退化机理及恢复技术研究、草地畜牧业持续高效生产配套技术研究；开展牧草收获、加工、贮藏、草地保护性耕作机械研制与配套工艺研究和草地有害生物种群发生规律及综合防治技术等研究。
新设置的学科，方向更加明确，人才配置更为合理，优势更加突出，既兼顾了传统优势学科的研究方向，又增添了新的研究内容，在兼顾基础研究的同时，又加强了实用技术和高新技术的研究。
　　三、人事制度改革
　　通过各岗位的公开招聘，双向选择，打破了工作岗位终身制，在全所范围内的各个工作岗位首次实行了全员聘任。
　　通过人事制度改革，共聘用中国农科院三级杰出人才5人；研究所科研一级岗位10人，科研二级岗位1人，科研三级岗位16人，科研四级岗位5人，科研辅助岗位4人；管理岗位15人；共向所内公益性岗位分流13人；向产业发展岗位分流16人；向后勤服务岗位分流人员34人。
　　四、内部分配制度改革
　　建立了“基本工资、岗位工资、绩效工资”相结合的分配制度。根据工作性质和要求，确定了各个工作岗位的绩效工资系数，各岗位按照相应的工资系数执行相应的工资标准。
管理岗位工资系数：正所级领导35、副所级领导30；正处级岗位25、副处级岗位23；职能管理岗位15。
　　科研岗位工资系数：科研一级35、科研二级30、科研三级20、科研四级15；科研辅助10。
　　除上述岗位外，将公益性（科技支撑）、科技开发、后勤服务的具体工作岗位分为一级和二级，岗位工资标准分别为15、11。
　　通过收入分配制度的改革，使全所职工的收入水平得到较大提高，上岗人员月增资平均1800元，其中，在科研岗位工作的科研人员月增资平均2300元。
　　五、产业发展
　　改革前，草原所原来注册的公司已基本处于停顿状态，通过改革，公司的各项工作已全部启动，并在原来的基础上扩大了公司的规模。在经营上，进一步明确了公司各项经营工作的范围、内容和具体工作任务及总体目标。将现有的试验场、站全部由公司按照企业的管理方式进行管理。
　　另外，对公司各类岗位提出相应标准与要求，并进行公开招聘，相关人员根据自己的条件和优势等进行竞聘。研究所对所有参与竞聘的人员，包括公司总经理和公司员工，均采取逐级竞聘制，同时与竞聘上岗的人员签定了聘任合同。
　　六、工作中遇到的困难
　　草原所的建所时间较长，地处少数民族地区，离退休职工数量较多，他们的工资收入水平低，与呼和浩特地区同类单位相比，收入差距很大。希望上级部门能够考虑草原所实际问题，增加经费投入。